Se pone a su alcance el PIFI 3.0, 3.1, 3.2, 3.3, PIFI 2007 y PIFI 2008-2009 y PIFI 2010-2011, en el PIFI 3.3 se incorporan proyectos de los cuerpos académicos en consolidación que en dicho momento serían siete, actualmente la UACJ goza de tres CA Consolidados y ocho en Consolidación.

El PIFI 1.0 y 2.0 seran incorporados posteriormente, pero se debe hacer la siguiente aclaración, estos dos primeros PIFI's fueron un ejercicio nacional en el que las universidades que participaron tomaron experiencias para el desarrollo de proyectos institucionales, por lo cual estos ejercicios sirvieron como base para proyectos mas ADHOC a las necesidades institucionales de calidad y planta académica, para el PIFI 3.0, lo que en los PIFI's anteriores se denominaban metas, para este se establecieron como metas compromiso, y en base a este PIFI se han determinado los avances en cada rubro, todos los alcances logrados tienen institucionalmente, desde el punto de vista de SEP, una trayectoria del PIFI 3.0 al PIFI 2007, es por eso que el PIFI 3.0 es un pivote de metas académicas, y sobre este giran las autoevaluaciones que se realizan en cada unos de los nuevos proyectos PIFI's que le sucedieron.

El PIFI 2008-2009 es el primer PIFI Bienal, y para este, la metodología del PIFI 2008-2009 establece que se debe realizar un ultimo ajuste de metas compromiso al 2012 que servirán de base para las autoevaluaciones de los próximos PIFI´s, por lo cual, la UACJ estableció metas académicas y de gestión a través de un trabajo colectivo que esta enriquecido con la experiencia en el desarrollo de proyectos orientados a logros académicos, este nuevo PIFI consta de proyectos que solicitan recursos para ejercer en 2009 y 2010, por lo que es oportuno aclarar que la SES, en caso de aprobar los proyectos, condiciona los recursos autorizados para el 2010 a los alcances obtenidos con el ejercicio de los recursos 2009.

El PIFI 2010 – 2011 procura mantener la continuidad del proceso de planeación. Su formulación refleja la continuidad del esfuerzo integral de fortalecimiento iniciado en el año 2001 para mejorar el desempeño institucional a través del seguimiento del desarrollo de los ProDES y ProGES, de sus proyectos y de los compromisos (metas compromiso) que se establecieron para el periodo 2007-2012 o que, en su caso, se redefinieron en el PIFI 2008-2009. En este PIFI se destaca el mejoramiento en los temas tradicionales pero además se incorporan nuevos conceptos  como los siguientes:

Mejorar la capacitación y actualización del personal docente de las IES;  analizar el funcionamiento e impacto de los programas y procesos de innovación educativa; analizar y asegurar la pertinencia de los programas y servicios académicos que ofrece la institución; avanzar en la mejora de la calidad de los programas educativos de posgrado. "Hoy la prioridad del PIFI es la calidad del posgrado, sin descuidar el avance en los niveles de TSU Licenciatura y Licenciatura"; Impulsar la educación ambiental para el desarrollo sustentable; avanzar en la formación integral del estudiante y fomentar la equidad de género entre personal académico, administrativo y estudiantes.