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 Estructura del plan de estudios

El plan de estudios consta de 180 créditos y se organiza en cuatro áreas básicas.  En el eje Teórico Conceptual se integra por las asignaturas de Conceptos, interdisciplinariedad y maestros de las Ciencias Sociales con 8 créditos se fundamenten en en el hecho, verificado generacionalmente, de que a menudo la procedencia disciplinar de los estudiantes dificulta un terreno común de entendimiento y conocimiento que sirva como punto de partida para la discusión teórica dentro de los cursos del Programa. Para quienes manejan con cierta solvencia los temas fundamentales de la disciplina queda la opción de presentar un examen que les excuse de cursar la asignatura; una calificación aprobatoria en dicho examen convalidaría los 8 créditos de la asignatura. Este eje se complementa con las materias de Pensamiento Social Contemporáneo I y II con un valor curricular de 8 créditos cada una. 

En el área Formativa se ofrecen seminarios teóricos y metodológicos dentro de los cuales los estudiantes de todas las especialidades se compenetran de los últimos avances en la teoría y metodología de las ciencias sociales, así como en el reconocimiento de la realidad social y los procesos de cambio político, económico y cultural que tienen lugar en América Latina y Norteamérica, pero también en otras partes del mundo.​ Se contempla la asignatura Habilidades para la Trayectoria Académica, con 6 créditos, que contempla temas como la ética profesional-intelectual, un módulo de escritura académica y búsqueda de revistas para publicación, preparación de proyectos para concursar por recursos externos para investigación, potenciales mercados laborales al término del Doctorado, organización de calendarios de trabajo, manejo del estrés y didáctica entre otros. Un examen comprensivo, que se formulará a partir de una lista de entre 20 y 30 libros que se le darán al doctorando/a que inicie la próxima generación, en el tercer semestre con un valor de 6 créditos y dos oportunidades para presentarlo –a mitad y, en caso necesario, al final de semestre. Se añaden créditos por movilidad (2 créditos a cumplimentar entre el 4º y 6º semestres) y por publicación de artículos académicos (6 créditos a cumplimentar entre el 7º y 8º semestres). ​

El área de Investigación se articula en seminarios de investigación y tesis, dentro de los cuales los estudiantes llevan a cabo su protocolo de investigación, el cual es estructurado y afinado en el Seminario de Diseño de Investigación. Los doctorantes asisten a los Seminarios de Tesis I, II y III, así como a los Seminario de Titulación I y II en donde analizan y redactan las conclusiones que se derivan de la investigación bibliográfica y de campo que se hayan realizado en los Seminarios de Investigación I y II.

​En el área de Especialización se imparten seminarios de corte disciplinario e interdisciplinario relativos a las especialidades que ofrece el doctorado: Desarrollo Regional; Historia Regional; Gobierno y Políticas Públicas; Estudios Culturales; y Estudios Fronterizos.Cada terminal se compone de 3 seminarios electivos y un optativo a cursar entre el primero y segundo semestre, y dos optativas que se cursan entre el tercero al quinto semestre según determine cada estudiante en base a su carga académica.