La Maestría en Ciencias de la Salud Pública tiene como antecedente la Maestría en Salud Pública de la Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, que inició sus cursos el 27 de enero de 1992, la idea nace de recomendaciones de miembros de la Asociación Fronteriza Mexicana Estadounidense de Salud (AFMES), para formación y desarrollo de recursos humanos, con un perfil que incidiera en la satisfacción, del sector y del apoyo y resolución de los problemas de salud fronterizos.  

La Asociación Fronteriza Mexicana Estadounidense de Salud planteó el establecimiento de un postgrado en salud pública a varios rectores de las universidades de la frontera norte de México, habiendo sido nuestra universidad quien acogiera con beneplácito la idea, y en un documento fechado el 2 de febrero de 1988, el Secretario de la UACJ, Arquitecto Eduardo Irigoyen Chávez, refiere la disposición del C. Rector Ing. Alfredo Cervantes García y del H. Consejo Universitario, de analizar las sugerencias para el nacimiento del propuesto postgrado. Un minucioso estudio de contenidos curriculares de los postgrados en Salud Pública de seis instituciones nacionales y de cinco de los Estados Unidos de Norteamérica y habiendo realizado consultas relativas a la formación  de recursos humanos para la salud destacadamente con la Oficina Panamericana de Salud, el Instituto Nacional de Salud Pública y la Universidad Veracruzana llevó a la integración del plan curricular y del programa académico de la Maestría en Salud Pública de nuestra institución.

Una vez aprobado por el H. Consejo Universitario, el programa fue enviado a la Subsecretaría de Educación Superior de la Secretaría de Educación Pública, solicitando además un apoyo económico para el desarrollo de la Maestría, el cual fue otorgado a la Universidad Autónoma de Ciudad Juárez.

Esta Maestría egresó a 98 alumnos en siete generaciones  hasta el año 2005, en que suspendió la inscripción, para dar lugar a una nueva maestría ubicada en la nueva perspectiva de  cambio de los sistemas de salud y las reformas del sector.

Actualmente la Maestría cuenta con tres áreas de concentración:

• Epidemiología
• Administración de servicios de salud
• Salud ambiental y del trabajo